Cơ quan lãnh đạo cao nhất của Hội là Đại hội đại biểu, được tổ chức 5 năm 1 lần theo nhiệm kì của Hội Liên hiệp Thanh niên Việt Nam. Tại Đại hội, sẽ hiệp thương chọn cử ra Ủy ban Hội để điều hành hoạt động giữa hai kì Đại hội, Ủy ban Hội hiệp thương chọn cử Thường trực Ủy ban Hội và các chức danh chủ chốt của Hội.Hội không ngừng củng cố tổ chức và mở rộng địa bàn hoạt động. Hiện nay, Hội bao gồm 12 Chi hội, các Ban chuyên môn và Văn phòng Hội.

- Ủy ban Hội khóa VI (2019 – 2024) gồm 29 anh/chị. Giúp việc cho Ủy ban Hội có: Hội đồng Huấn luyện, Hội đồng Thi đua, Văn phòng Hội, các Ban chuyên môn và các Câu lạc bộ theo sở thích.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 06/01 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày Toàn quốc hiến máu) hoạt động trọng tâm trên địa bàn khu vực quận Cầu Giấy.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 24/01 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày thành lập Hội) hoạt động trọng tâm trên địa bàn khu vực quận Đống Đa.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 27/2 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày Thầy thuốc Việt Nam) hoạt động trọng tâm trên địa bàn khu vực quận Đống Đa.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 08/3 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày thành lập Viện Huyết học – Truyền máu Trung ương) hoạt động trọng tâm tại quận Cầu Giấy.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 26/3 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày thành lập Đoàn TNCS Hồ Chí Minh) hoạt động trên địa bàn: quận Hà Đông, huyện Thanh Trì.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 07/4 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày Toàn dân hiến máu – từ 07/4/2000) hoạt động trên địa bàn quận Thanh Xuân.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 08/5 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày Quốc tế Chữ thập đỏ) hoạt động trên địa bàn: quận Cầu Giấy, Tây Hồ.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 14/6 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày Quốc tế Người hiến máu) hoạt động trên địa bàn: quận Hà Đông, huyện Chương Mỹ.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 19/8 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày Cách mạng tháng Tám thành công) hoạt động trên địa bàn: huyện Gia Lâm, quận Long Biên.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 15/10 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày truyền thống Hội Liên hiệp Thanh niên Việt Nam) hoạt động trọng tâm trên địa bàn: quận Hai Bà Trưng, Hoàng Mai.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 01/12 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày Thế giới phòng chống HIV/AIDS) hoạt động trên địa bàn: quận Nam Từ Liêm, Bắc Từ Liêm, huyện Hoài Đức.

- Chi hội Thanh niên vận động hiến máu 05/12 (Ý nghĩa tên gọi: Ngày Quốc tế Người tình nguyện) hoạt động trên địa bàn: quận Bắc Từ Liêm, huyện Đông Anh.

Hội có logo riêng, bài ca truyền thống, đồng phục. Văn phòng Hội đặt tại Tầng 6, Tòa nhà Trung tâm Máu Quốc gia (Viện Huyết học – Truyền máu TW) – Phố Phạm Văn Bạch, Yên Hòa, Cầu Giấy, Hà Nội.